Μία από τις φαινομενικά πιο «αθώες», αλλά συχνά επιβλαβής πίεση στα είδη νυχτερίδων του προγράμματος είναι η ανθρώπινη παρουσία στα καταφύγια μεγάλων αποικιών. Στα πλαίσια του LIFE GRECABAT, έχουμε ετοιμάσει ένα κατάλογο με τα 179 σημαντικότερα καταφύγια νυχτερίδων στην Ελλάδα και τις εποχές για τις οποίες έχει τεκμηριωθεί η παρουσία σημαντικών αποικιών σε αυτά. Σε κάθε περίπτωση, οι επισκέψεις στα καταφύγια παρουσία νυχτερίδων θα πρέπει να είναι όσο το δυνατόν πιο διακριτικές, με μικρό αριθμό μελών, περιορισμό της θερμικής, ηχητικής και άλλης ρύπανσης και να έχουν κατά το δυνατόν σύντομη διάρκεια.