Το πρόγραμμα στοχεύει στη βελτίωση της κατάσταση διατήρησης 10 ειδών χειρόπτερων (Παραρτήματα II-IV, της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ, και σημαντικών καταφυγίων τους) και 8 επιλεγμένων σπηλαίων (Τύπος οικότοπου 8310, Παράρτημα Ι της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ), βοηθώντας παράλληλα την επιβίωση της μοναδικής σπηλαιόβιας ζωής (δεκάδες ενδημικά είδη ασπόνδυλων που ζουν μόνο σε ένα ή λίγα σπήλαια της Ελλάδας).  Συγκεκριμένα, το πρόγραμμα έχει ως στόχο:

1. Την εφαρμογή σειράς επιδεικτικών δράσεων διατήρησης (conservation actions) σε 10 περιοχές του Δικτύου NATURA 2000.
2. Την ενδυνάμωση του νομικού πλαισίου της προστασίας και της διαχείρισης, συντάσσοντας Εθνικά Σχέδια Δράσης για τα επιλεγμένα είδη και τον οικότοπο.
3. Την εγκατάσταση, σε 3 επιλεγμένες τοποθεσίες, προηγμένων συστημάτων παρακολούθησης και έγκαιρης προειδοποίησης για τα σπήλαια και τη σπηλαιόβια ζωή.
4. Την κατασκευή πρωτότυπης, χαμηλού κόστους, αυτόνομης ψηφιακής συσκευής καταγραφής περιβαλλοντικών παραμέτρων για την παρακολούθηση των σπηλαίων.
5. Την τεκμηριωμένη πρόταση (τριάντα σημαντικότερων) και την ίδρυση (θεσμοθέτηση, τουλάχιστον 5) «μικροαποθεμάτων σπηλαίων» (επιλογή, σήμανση, θεσμοθέτηση).
6. Την ενημέρωση - κατάρτιση των εμπλεκομένων κοινωνικών εταίρων (κρατικές υπηρεσίες, ΟΤΑ, σπηλαιολογικοί σύλλογοι, επιχειρηματίες, ιδιοκτήτες γης κ.α.), ώστε να υιοθετήσουν στάση πιο φιλική προς τα σπήλαια και νυχτερίδες, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία.
7. Την οργάνωση δικτύου εθελοντών για την παρακολούθηση, προστασία και ορθή διαχείριση των σπηλαίων και άλλων καταφυγίων νυχτερίδων (χειροπτέρων).
8. Την ενημέρωση - ευαισθητοποίηση του κοινού για την οικολογική σημασία των νυχτερίδων, των σπηλαίων και της σπηλαιόβιας ζωής, το νομικό πλαίσιο προστασίας τους καθώς και τις επιπτώσεις απο την ανθρώπινη δραστηριότητα.
9. Τη διαμόρφωση κατευθύνσεων / προδιαγραφών ορθής αξιοποίησης των σπηλαίων, αναδεικνύοντας νέες ευκαιρίες για επιχειρηματικές δραστηριότητες συμβατές με τη διατήρηση της φυσικής κληρονομιάς.