Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης (ΜΦΙΚ) ιδρύθηκε με Προεδρικό Διάταγμα το Δεκέμβριο του 1980 στο πλαίσιο της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης, σύμφωνα με το οποίο περιλαμβάνει πέντε Τμήματα: Ζωολογικό, Βοτανικό, Ανθρωπολογικό, Παλαιοντολογικό-Γεωλογικό και Ορυκτολογικό.

Το ΜΦΙΚ εστιάζεται στη βασική και εφαρμοσμένη έρευνα:

της βιοποικιλότητας του Αιγαίου και της ανατολικής Μεσογείου,
της δομής των οικοσυστημάτων με έμφαση στα νησιώτικα οικοσυστήματα, στα παράκτια οικοσυστήματα, στους υγροτόπους, στα ορεινά οικοσυστήματα,
της εξέλιξης, της ταξινόμησης και της οικολογίας συγκεκριμένων οργανισμών με έμφαση στα ενδημικά και κινδυνεύοντα είδη φυτών και ζώων,
της γεωλογικής δομής και εξέλιξης της ανατολικής Μεσογείου,
της φυλογένεσης, της συστηματικής και της γενετικής δομής, με μοριακές τεχνικές.

Μέσω της συμμετοχής του σε περισσότερα από 90 εθνικά ή ευρωπαϊκά προγράμματα, το ΜΦΙΚ και οι ακαδημαϊκοί και οι ερευνητές που το απαρτίζουν έχουν συμβάλει σε εκατοντάδες δημοσιεύσεις σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά και ανακοινώσεις, σε διεθνή και εθνικά συνέδρια. Παράλληλα, το ΜΦΙΚ έχει υλοποιήσει δεκάδες προγράμματα περιβαλλοντικής εκπαίδευσης σε διάφορες ομάδες (μαθητές, εκπαιδευτικοί, ειδικές ομάδες, ευρύ κοινό), ενώ συμμετέχει και σε εξειδικευμένα ερευνητικά εκπαιδευτικά προγράμματα.

Το ΜΦΙΚ καλύπτει όλες τις δραστηριότητες ενός πλήρους και σύγχρονου μουσείου, διατηρώντας και αναπτύσσοντας συλλογές, ενώ έχει σχεδιάσει, διαμορφώσει και οργανώσει πολλές περιοδικές εκθέσεις εντός και εκτός Ελλάδας. Συμπληρωματικά αναπτύσσει εκτεταμένο εκδοτικό έργο, τηρεί φωτογραφικό αρχείο, πλήρως ενημερωμένη βιβλιοθήκη και στεγάζει εργαστήριο ταριχεύσεων και εκθεμάτων. Όλες οι παραπάνω βάσεις δεδομένων, υποστηρίζουν τόσο τις προπτυχιακές και μεταπτυχιακές σπουδές του Βιολογικού Τμήματος του Πανεπιστημίου Κρήτης, όσο και τη βασική και εφαρμοσμένη έρευνα της ακαδημαϊκής κοινότητας αλλά και τις ανάγκες ενημέρωσης υπηρεσιών, φορέων και τοπικών κοινωνιών.

Αυτοτελώς, το ΜΦΙΚ έλαβε για το σύνολο του επιστημονικού του έργου βραβείο από την Ακαδημία Αθηνών (2012), ενώ για την ποιότητα του εκθεσιακού του χώρου (ο οποίος δέχεται περισσότερους από 50.000 επισκέπτες ετησίως) και τις εκεί παρεχόμενες υπηρεσίες, διακρίνεται από το 2013 και κάθε χρόνο με βραβείο αριστείας από το Tripadvisor.